Il Collegio Sindacale è un organo di controllo che vigila sull'osservanza delle norme di legge, regolamentari e statutarie, nonchè sul rispetto dei principi di corretta amministrazione.

Il Collegio Sindacale di BPER è composto da 5 membri effettivi, tra cui il Presidente, e 2 supplenti. Tutti i membri sono eletti dall'Assemblea dei Soci.

I Sindaci durano in carica per tre esercizi e scadono alla data dell'Assemblea convocata per l'approvazione del bilancio relativo all'ultimo esercizio della loro carica; essi sono rieleggibili.