Il Consiglio di Amministrazione della Banca popolare dell’Emilia Romagna e delle banche del Gruppo BPER è un organo amministrativo, di nomina assembleare, con funzione esecutiva e di gestione. 

Il Consiglio di Amministrazione di BPER è formato da 19 Consiglieri, eletti dall'Assemblea tra i soci. Essi durano in carica tre esercizi, scadono alla data dell'Assemblea convocata per l'approvazione del bilancio relativo all'ultimo esercizio della loro carica e sono rieleggibili.

Il Consiglio si rinnova, nel corso di ogni triennio, parzialmente ogni anno, nella misura di 6 Consiglieri il primo anno, 7 Consiglieri il secondo anno e 6 consiglieri il terzo anno (in sequenza a partire dal 2011).